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明治19年、下国皎三、沼山兵七が古川に入地し、由仁の開拓が始まりました。
　明治25年、戸長役場がおかれ由仁村が誕生し、明治28年には、三河国新川町（現　愛知県）から加藤平五郎が小作人をつれて現在の三川地区へ移住しています。
※加藤平五郎さんの出身地である愛知県碧南市と由仁町は青年友好都市として提携しています。
昭和25年、町制が施行され、昭和32年には人口が13,404人（これまでの由仁町の最多人口）を数えるほど発展しました。平成24年に開町120年を迎えました。
町の名前は、アイヌ語の「ユウンニ」（温泉があるところの意味）がなまったものと言い伝えられています。