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江戸期にはにしんの豊漁などで越後、佐渡、能登方面から移住者が増え、にしんの千石場所として江差に次ぐまちとして発展しました。
時代の変遷に伴い、明治2年には、山田顕義以下1,300人の明治政府軍（官軍）が上陸。また、明治4年廃藩置県により館県、つづいて弘前県青森県の統治下に入り、明治12年乙部三ツ谷に戸町役場が置かれました。明治19年北海道庁函館支庁官下になり、乙部村に戸町役場の合併があって現在の乙部町の区域となり、明治35年2級町村制の施行により、村名を「乙部村」としました。
昭和40年には町制施行し、乙部町となりました。また、平成2年には町政施行25周年、平成7年には30周年、平成27年には50周年を迎え、さらなる発展が望まれています。